Tarihi alan etrafında yeterli güvenlik önlemleri alınamaması ve doğal etkenler, Han Yeraltı Şehri’nin zaman içinde tahrip olmasına neden oldu. Alanı ziyaret eden bazı kişiler, her yere isimlerini kazırken ve sprey boyalar ile yeraltı şehrine ve tarihe zarar veriyor. Aşkını ilan etmek isteyen bazı kişilerin ise tarihi duvarlara ismini kazıması görenleri hayrete düşürüyor.
Anadolu genelinde Bizans döneminde etkileri uzun bir süre devam eden Arap akınlarına karşı 7-9. yüzyılda savunma ve korumaya yönelik olarak yapılmış olabileceği tahmin edilen yeraltı şehrinin hali, hem görüntü hem de çevre kirliliği oluşturuyor.