Yaklaşık 5 yıl boyunca firari olarak aranan Hoşcoşkun, 4 Temmuz tarihinde hastanede tedavi olmak için bulunduğu Ege Üniversitesi Hastanesi'nde polis ekipleri tarafından yakalandı.
İzmir Cumhuriyet Başsavcılığı’nca FETÖ’ye yönelik yürütülen soruşturma kapsamında, 11 Eylül 2017 yılında hakkında yakalama kararı çıkarılan ve 5 yıldır aranan Ege Üniversitesi eski rektörü Prof. Dr. Mustafa Cüneyt Hoşcoşkun, 4 Temmuz’da kolon kanseri ve böbrek yetmezliği tedavisi için Ege Üniversitesi Hastanesi’ne gitti.
Polis ekiplerince hastanede yakalanan Hoşcoşkun, iki haftalık tedavi sürecinin ardından emniyete götürüldü.
Buradaki işlemlerin tamamlanmasının ardından adliyeye sevk edilen Hoşcoşkun etkin pişmanlıktan yararlanmak istediğini söylerken, 2017’den bu yana firari olması sebebiyle tutuklanma istemiyle mahkemeye sevk edildi. Hoşcoşkun sevk edildiği mahkemece tutuklanarak cezaevine gönderildi.
Yükseköğretim Kurulu’nca 28 Şubat 2017’de Ege Üniversitesi’ndeki rektörlük görevinden açığa alınan Hoşcoşkun, 25 Ağustos’taki Kanun Hükmünde Kararname ile meslekten ihraç edilmişti.